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Le laboratoire DYNABIO vient de publier sa première lettre d’information destinée aux prescripteurs d’examens de biologie médicale : intitulée DYN’INFO, elle permet d’informer nos partenaires concernant des sujets variés tels que la bonne gestion de la phase pré-analytique, les examens réalisés par le laboratoire, le rendu des résultats… Ce nouvel outil de communication permet de renforcer la prestation de conseils assurée par le laboratoire.

Le DYN’INFO n°1 de Mai 2017 est consultable dans l’onglet « Professionnels de santé », il concerne les examens urgents et les renseignements cliniques.

Les prochains numéros seront publiés à chaque fois que l’actualité du laboratoire le nécessitera.

Marie-E. FORAY, Responsable qualité du laboratoire DYNABIO.

La légende de Sissa

Il y a très longtemps en Inde, le roi Belkib s’ennuyait. Ce prince guerrier avait vaincu tous ses ennemis et se morfondait dans son palais. Le brahmane Sissa lui apprit un nouveau jeu qu’il venait d’inventer et qui se jouait sur un plateau à soixante-quatre cases noires et blanches : les échecs.

Le souverain se prit de passion pour cette nouvelle distraction et proposa à Sissa de le récompenser en lui offrant une pièce d’or par case de l’échiquier. Sissa refusa humblement et lui demanda, pour nourrir ses poules, de lui offrir plutôt un grain de blé sur la première case, deux sur la deuxième, quatre sur la troisième, huit sur la quatrième et ainsi de suite jusqu’à la dernière.

Le roi s’empressa d’accepter, heureux de s’en tirer à si bon compte. Ce qu’il ne savait pas encore c’était que la totalité des grains de blé réclamés par le Brahmane représentait environ la surface de la terre, océans compris, recouverte d’une épaisseur d’un mètre de grains de blé !!!

La PCR : principe technique

Dans la technique de PCR que nous venons de mettre en place au sein du laboratoire DYNABIO, les grains de blés du brahmane Sissa sont des fragments d’ADN double brin, spécifiques de germes responsables d’infections sexuellement transmissibles (IST).

Le prélèvement – qui peut être gynécologique, urétral ou urinaire – est mis en contact avec un mélange réactif comprenant des amorces spécifiques des germes à rechercher, des nucléotides isolés (constituants primaires de l’ADN) et une enzyme, la TAQ polymérase. Cette enzyme est capable, même à haute température, de reconstituer un ADN double brin en incorporant les nucléotides du milieu réactionnel sur un brin isolé porteur de l’amorce.

Les amorces sont couplées à un marqueur fluorescent qui est activé lorsque l’amorce se fixe sur l’ADN cible du germe recherché, ce qui permet d’établir sa quantification.

Dans un premier temps, le mélange réactionnel est chauffé à 95°C ce qui sépare les brins d’ADN en deux. Les amorces se fixent alors sur leur cible si celle-ci est présente puis les polymérases reconstituent à partir de ces amorces deux copies d’ADN double brin identique à l’ADN initial. Ce cycle se renouvelle jusqu’à ce que le signal fluorescent soit détectable.

Il est couramment admis qu’il faut 10¹⁰ copies pour atteindre le signal seuil. En partant de 1 000 000 de copies initiales, le seuil est atteint au bout de 14 cycles, 25 cycles pour 1000 copies initiales et 33 cycles pour 1 copie initiale. Nous sommes donc encore loin des soixante-quatre cases de l’échiquier de Sissa !

Il est donc théoriquement possible d’identifier une bactérie même si elle n’est présente qu’en un seul exemplaire dans l’échantillon. En pratique, les seuils de détection sont plus élevés mais restent infiniment plus performants que les techniques classiques.

Germes recherchés

Le test est réalisé sur prescription médicale avec recherche de Chlamydiae trachomatis par PCR mais il présente l’intérêt de pouvoir diagnostiquer simultanément deux autres agents pathogènes : Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium.

• Chlamydiae trachomatis 

Chez l’homme, il provoque des infections uro-génitales (urétrites, épididymites) mais dans 50% des cas le portage est asymptomatique. Chlamydiae trachomatis est un germe intra-cellulaire dont la culture n’est pas possible avec les techniques bactériologiques classiques, c’est pourquoi son rôle pathogène a longtemps été sous-estimé avant l’apparition des techniques de biologie moléculaire.

Chez la femme, il est responsable d’infections génitales basses (vaginites, cervicites) ou hautes (salpingites, endométrites, maladies pelviennes) ; dans 75% des cas l’infection passe inaperçue avec comme risque principal la survenue d’une stérilité tubaire souvent définitive. Chez la femme enceinte, il peut être la cause d’avortements ou de retards de croissance avec un risque de contamination du nouveau-né au moment de l’accouchement.

Il s’agit du premier agent bactérien responsable d’IST en France, en Europe et aux Etats-Unis ; 75% des infections sont rapportées chez les sujets jeunes âgés entre 15 et 24 ans.

• Neisseria  gonorrhoeae

Appelé aussi gonocoque, il est l’agent causal de la gonorrhée (populairement appelée « chaude pisse »). Très évocatrice chez l’homme, l’infection peut passer inaperçue chez la femme ce qui favorise sa transmission. Il s’agit d’un germe très fragile dont la survie en dehors du corps humain est limitée. Ainsi, sa recherche par les techniques de culture classiques est souvent faussement négative et la PCR permet d’améliorer grandement la fiabilité de son dépistage.

• Mycoplasma genitalium

Sa recherche est préconisée dans les dernières recommandations de l ‘HAS  de novembre 2016 :« Urétrites et cervicites non compliquées, stratégie diagnostique et thérapeutique de prise en charge ».

Comme Chlamydiae trachomatis, ce germe ne peut pas être mis en évidence par culture et son rôle a longtemps été méconnu. Il est pourtant l’un des principaux agents d’urétrites non gonococciques chez l’homme. Chez la femme, il est principalement responsable de cervicites muco-purulentes.

Thierry MARIN-LAFLECHE, Biologiste responsable du laboratoire DYNABIO Carreau

Le laboratoire DYNABIO Croix-Rousse a réalisé des travaux d’aménagement du 15 juillet au 15 août 2016 afin d’améliorer la qualité d’accueil des patients et les conditions de travail du personnel. Objectif atteint !

Plusieurs notions clés ont guidé la réalisation de ces travaux :

Modernité :

– Une vitrine et une décoration intérieure graphiques et épurées, aux couleurs du logo DYNABIO.

– Un écran en salle d’attente qui diffuse en continu les informations utiles aux patients (présentation du laboratoire, documents nécessaires pour l’enregistrement des dossiers, conditions de rendu des résultats : au laboratoire, sur internet…).

Confort :

– Des sièges confortables pour les patients et le personnel.

– Une fontaine à eau pour se rafraîchir et des revues disponibles en salle d’attente.

– Des aménagements sur la mezzanine :

• Un espace détente pour les patients dont les examens nécessitent un temps de repos (femmes enceintes…).
• Une salle de prélèvement supplémentaire avec tout l’équipement nécessaire pour les prélèvements spécifiques (gynécologiques…).

Ergonomie et accessibilité aux personnes à mobilité réduite :

– Une porte automatique et un plan incliné pour faciliter l’accès au laboratoire.

– Des salles de prélèvement et des toilettes plus grandes afin d’améliorer la circulation.

Confidentialité :

– Une salle d’attente distincte du bureau d’accueil.

– Une signalétique pour respecter une zone de confidentialité à l’accueil.

– Une séparation entre les deux postes de réception.

Ces travaux viennent compléter ceux déjà réalisés en 2015 et qui avaient permis de moderniser les locaux techniques situés au 1^er étage (où sont réalisés notamment la plupart des examens de bactériologie).

Notre souci permanent : votre satisfaction !

Le laboratoire vous remercie pour vos nombreux retours positifs, il reste à l’écoute pour toutes vos remarques et suggestions d’amélioration.

Rémi GEBEILE, Biologiste responsable du laboratoire DYNABIO Croix-Rousse.

Dans le cadre de sa démarche d’amélioration au service du patient, le laboratoire DYNABIO s’est doté en 2015 d’un nouvel équipement : un système d’ensemencement automatisé pour les échantillons de bactériologie.

L’examen bactériologique : notions préliminaires

En cas d’infection bactérienne, des bactéries pathogènes sont présentes dans des sites habituellement stériles (urines…) ou au sein d’une flore commensale « naturelle » (selles…). Afin de mettre en évidence ces bactéries, les échantillons biologiques (urines, selles…) sont « ensemencés » sur différents milieux de culture (ensemencement manuel ou automatisé). Les bactéries ainsi isolées peuvent alors être identifiées et un antibiogramme réalisé le cas échéant.

Les apports d’un ensemencement automatisé

Le choix d’un système d’ensemencement automatisé de milieux de culture apporte deux avancées majeures pour améliorer l’efficacité du laboratoire :

• une qualité supérieure d’ensemencement (meilleure reproductibilité par rapport à la méthode manuelle)
• une haute cadence (optimisation du flux de travail du laboratoire) et un gain de temps

En standardisant l’inoculation des milieux et en offrant une meilleure traçabilité des résultats, le système automatisé permet d’optimiser l’isolement des colonies bactériennes et d’éliminer les risques de contamination croisée. Il permet une lecture des résultats facile et rapide.

L’automatisation en bactériologie permet ainsi d’optimiser le délai de rendu des résultats aux patients et aux prescripteurs afin de mettre en place rapidement un traitement antibiotique adapté.

Auteur : Dr. Rémi GEBEILE (biologiste médical)

L’antibiorésistance, le revers de la médaille

L’efficacité remarquable des antibiotiques s’est accompagnée de leur utilisation massive et répétée en santé humaine et animale. Ce phénomène a généré une pression sur les bactéries, qui ont développé des systèmes de défense contre ces antibiotiques. On parle de pression de sélection, conduisant à l’apparition de résistances (Bactéries Multi-Résistantes produisant des enzymes lysant les antibiotiques comme les BLSE, Bêta-Lactamases à Spectre Etendu, SAMR ou Staphylocoque Aureus Méticilline Résistant, ERG ou Entérocoque Résistant aux Glycopeptides). La mauvaise utilisation des antibiotiques, passant par des traitements trop courts ou trop longs, parfois mal dosés, est également pointée du doigt.

Ponctuelles au départ, ces résistances sont devenues massives et préoccupantes. Certaines souches sont multirésistantes, c’est-à-dire résistantes à plusieurs antibiotiques. D’autres sont même devenues résistantes à tous les antibiotiques disponibles. Ce dernier cas est heureusement encore rare, mais le phénomène est en augmentation. Il place les médecins dans une impasse thérapeutique.

Les animaux sont aussi des gros consommateurs d’antibiotiques D’après l’OMS, au moins 50 % des antibiotiques produits dans le monde sont destinés aux animaux. Aux Etats-Unis, ces médicaments sont utilisés de façon systématique comme facteurs de croissance, une pratique interdite en Europe depuis 2006. Or, comme chez l’Homme, la surconsommation d’antibiotiques dans les élevages est responsable de l’apparition de résistances. Les bactéries multi-résistantes issues des élevages peuvent se transmettre à l’Homme directement ou via la chaîne alimentaire.

Il n’en reste pas moins que des résistances surviennent aussi en ville, au détour d’antibiothérapies « apparemment anodines » : sous la pression d’un banal traitement antibiotique par voie orale donné à tort pour une rhinite ou bronchite, une espèce bactérienne de la flore intestinale peut développer un mécanisme de résistance.

Les mesures prises

Depuis plus de dix ans, de nombreuses actions ont été entreprises pour lutter contre le développement des résistances aux antibiotiques.

En France, un troisième plan pluriannuel vient d’être mis en place pour la période 2011-2016  et fixe désormais un objectif chiffré en matière de réduction des consommations :

– 25% d’ici 2016.

Cet objectif est d’autant plus prioritaire que la consommation d’antibiotiques en France est importante : elle se situe à un niveau nettement supérieur à la moyenne européenne.

Aussi, le nombre de substances actives antibiotiques dont disposent les prescripteurs diminue. En effet, très peu de nouveaux médicaments sont venus enrichir les différentes classes d’antibiotiques. Au cours de la période, le nombre de substances disponibles en France est passé de 103 à 84 (voir annexe 1).

A l’hôpital comme en ville, les pénicillines constituent la classe d’antibiotiques la plus utilisée. L’amoxicilline demeure l’antibiotique de référence. Parmi les autres bêta-lactamines, celle des céphalosporines de 3ème génération mais également celle des carbapenems ont progressé fortement. En ce qui concerne cette dernière classe, l’usage croissant des carbapenems est d’autant plus préoccupant que de nouvelles souches résistantes sont apparues.

70,6% des prescriptions d’antibiotiques en ville ont été réalisées par un médecin généraliste.

En valeur absolue, la consommation d’antibiotiques est beaucoup plus élevée en ville qu’à l’hôpital.

En valeur relative, le rapport s’inverse.

Ainsi, plus de 40 patients sur 100 hospitalisés ont reçu en 2010 un jour donné une dose d’antibiotique, alors qu’en ville ce taux journalier est inférieur à 3 personnes sur 100.

L’exposition aux antibiotiques est donc majeure à l’hôpital.

Une lutte sans fin

La propagation des bactéries multirésistantes et l’absence de nouveaux antibiotiques font courir un risque d’impasse thérapeutique de plus en plus fréquent. Pour faire face à cette situation, l’idée n’est pas de trouver une solution permettant d’éviter l’apparition de résistances, car les bactéries trouveront toujours un moyen de s’adapter. Il convient plutôt de préserver le plus longtemps possible l’efficacité des antibiotiques disponibles.

Réduire la consommation d’antibiotiques

Il est absolument nécessaire de réduire la consommation d’antibiotiques pour baisser la pression de sélection qui pèse sur les bactéries. Grâce aux plans de rationalisation des prescriptions et aux campagnes de sensibilisation destinées au grand public, la consommation de ces médicaments a chuté de 16 % entre 2000 et 2009. La France reste cependant parmi les plus gros utilisateurs, et la consommation est légèrement repartie à la hausse depuis 2005. Dans ce contexte, il est important que les médecins puissent distinguer les infections virales des infections bactériennes : si l’infection est virale, l’antibiotique est inutile. Des tests de dépistage rapide existent pour les angines. Malheureusement, ils sont encore sous-utilisés en France.

Conclusion

Pris dans leur ensemble, ces résultats demeurent néanmoins positifs et démontrent que les habitudes de prescription et les comportements peuvent être infléchis.

Auteur : Dr Laure QUINCY (biologiste médicale)

Sources :

Dix ans d’évolution des consommations d’antibiotiques en France (rapport ANSM juillet 2012)

Résistance aux antibiotiques (rapport INSERM mai 2013)

1.      LISTE DES NOUVEAUX ANTICOAGULANTS ORAUX (NACO) :

Les nouveaux anticoagulants oraux disponibles en France sont au nombre de trois :

• Dabigatran (PRADAXA)
• Rivaroxaban (XARELTO)
• Apixaban (ELIQUIS)

Depuis leur arrivé sur le marché, les NACO ont fait l’objet de diverses recommandations et  diverses études sont en cours concernant leurs indications. Au mois d’Octobre 2013, quatre plaintes déposées contre le PRADAXA* et l’Agence Nationale de sécurité du Médicament et des produits de santé (ANSM) ont incité à une vigilance accrue, requise conjointement par les instances de tutelle, ANSM, HAS et CNAM.

Nous faisons ici le résumé de la pratique « actuelle » en France. 

2.      INDICATIONS « OFFICIELLES » :

a.      Fibrillation auriculaire non valvulaire :

·          Dabigatran et Rivaroxaban.

b.      Thrombose veineuse profonde (TVP) et Embolie pulmonaire (EP) :

·          Rivaroxaban.

c.       Orthopédie – prothèse totale de hanche (PTH) et prothèse totale de genou (PTG) :

·          Dabigatran, Rivaroxaban, Apixaban.

Les AVK : la référence – Les NACO : l’alternative  (selon l’HAS) ¹

·          Les AVK sont la référence dans la prévention des accidents thrombo-emboliques en cas de fibrillation auriculaire.

·          Il n’existe à l’heure actuelle aucun argument scientifique pour remplacer un traitement par antivitamine K efficace et bien toléré par un autre anticoagulant oral.

·          Dans la plupart des cas,les AVK restent les anticoagulants oraux de référence. Les anticoagulants oraux non AVK représententune alternative. Ils sont, eux aussi, susceptibles d’induire des hémorragies graves.

·          Le choix sera faitau cas par cas, en fonction des facteurs suivants : âge, poids, fonction rénale, qualité prévisible de l’observance, souhait du patient après information adaptée, etc.

·          La prescription des anticoagulants oraux non AVK peut notamment être envisagé :

–         chez les patientssous AVK, mais pour lesquels le maintien de l’INR dans la zone cible (entre 2 et 3) n’est pas habituellement assuré malgré une observance correcte.

–         ou chez les patients pour lesquelsles AVK sont contre-indiqués ou mal tolérés, qui ne peuvent pas les prendre ou qui acceptent mal les contraintes liées à la surveillance de l’INR.

Le coût d’un traitement par AVK se situe entre 10 et 15 € par mois contre 75 € avec les NACO².

Ainsi, même en tenant compte du coût du suivi biologique, le coût mensuel d’un traitement par AVK reste 5 fois moins élevé que celui des NACO.

3.      MODES D’ACTIONS :

Le tableau ci-dessous résume le mode d’action et la pharmacologie des NACO³

*          Augmentation avec l’âge.

**        Précaution d’emploi chez les insuffisants hépatiques.

***      Précaution d’emploi chez les insuffisants rénaux.

4.      INTERET ET SURVEILLANCE :

Les NACO ont été développés pour améliorer la prise en charge des patients nécessitant un traitement anticoagulant.

Leur intérêt peut se résumer en quelques points : administration orale, action rapide, absence de risque de thrombopénie induite par l’héparine, absence de surveillance biologique.

Toutefois, certaines situations demandent une vigilance accrue et une étude de la coagulation : chirurgie ou acte invasif urgent, hémorragie, altération de la fonction rénale et/ou hépatique, patient polymédicamentés, patients de faible poids ou ayant des co-morbidités, contrôle biologique en cas d’utilisation « d’antidote ».

5.      EN CAS DE SURDOSAGE  ou NECESSITE D’INTERVENTION INVASIVE URGENTE :

En cas de surdosage ou de nécessité d’intervention chirurgicale à risque hémorragique, deux possibilités s’offrent actuellement pour éliminer l’effet des NACO :

–         Dabigatran : hémodialyse ; à noter que le charbon activé peut absorber le dabigatran s’il est administré dans les deux heures qui suivent l’administration.

–         Rivaroxaban : administration de complexe prothrombinique (PPSB).

–         Apixaban : pas de données bibliographiques.

6.      DOSAGE OU MESURE D’ACTIVITE DES NACO:

Les tests globaux de coagulations TP/TQ (pour le Rivaroxaban) et TCA (pour le Dabigatran) peuvent être perturbés différemment suivant le type d’anticoagulant oral, mais ne sont pas spécifiques de l’activité anticoagulante. Par ailleurs, leurs valeurs varient considérablement d’un réactif à l’autre.

Un Temps de Thrombine normal élimine un surdosage en Dabigatran.

Les dosages d’activité anti-IIa (Dabigatran) ou anti-Xa (Rivaroxaban, Apixaban) sont plus spécifiques mais nécessitent encore aujourd’hui une standardisation.

Seuls quelques laboratoires spécialisés sont capables d’effectuer ces dosages, et rarement dans l’urgence.

A noter par ailleurs que ces dosages ne sont pas remboursés par la sécurité sociale. 

Auteur : Dr Guillaume GUIRAUD (biologiste médical)

Sources :

¹ Fibrillation auriculaire non valvulaire : quelle place pour les anticoagulants oraux non antivitamine K ; HAS – Juillet 2013.

² Etude de l’Assurance Maladie sur l’utilisation des nouveaux anti-coagulants oraux – 27 novembre 2013

³ Carnets du Biologiste  Biomnis – Hémostase – 21 mai 2012

Le dépistage de la trisomie 21 fœtale repose sur le dosage des marqueurs sériques dans le sang maternel au 1er ou au 2ème trimestre de la grossesse associant les mesures échographiques du 1er trimestre. Chez les patientes appartenant à un groupe à risque suite à ce dépistage, un prélèvement invasif (amniocentèse, biopsie de trophoblaste) est envisagé pour vérifier le caryotype du fœtus et établir le diagnostic de trisomie 21 fœtale.
Il est désormais possible de faire le diagnostic prénatal de trisomie 21 fœtale, et d’autres trisomies, sur une simple prise de sang maternel sans réaliser d’ amniocentèse ou de biopsie de trophoblaste, dont le risque de fausse couche, même très faible, n’est pas nul.
Il est important de souligner que l’étude de l’ADN fœtal dans le sang maternel n’est en fait pas un test diagnostic mais un dépistage de très haute sensibilité. Un test négatif ne permet donc pas d’être absolument certain que le fœtus n’est pas atteint d’anomalie chromosomique. En cas de résultat positif, la probabilité que l’enfant soit atteint de trisomie 21 est quasi certaine mais devra être confirmée par une amniocentèse avant toute décision éventuelle d’interruption de la grossesse.
Le principe du test est assez complexe. Il consiste à analyser (par séquençage) les fragments d’ADN provenant du (ou des) fœtus, fragments d’ADN qui sont présents dans le sang maternel durant toute la grossesse.
Aujourd’hui, huit laboratoires au monde proposent ce type de test. Le test génétique non invasif de la trisomie 21 fœtale a reçu un avis favorable du Comité consultatif national d’éthique en avril 2013 et du Collège national des gynécologues et obstétriciens français en janvier 2013. Le Pr Alexandra Benachi, chef de service de gynécologie-obstétrique et de médecine de la reproduction à l’hôpital Antoine Béclère à Paris et le Dr Jean-Marc Costa, biologiste au Laboratoire Cerba à Saint-Ouen l’Aumône, ont mis au point ce test génétique non invasif qui est désormais disponible en France.
Le délai de rendu des résultats peut s’étendre jusqu’à 15 jours ouvrables.
A ce jour, ce test coûteux (800 euros) n’est pas remboursé par l’Assurance Maladie et sa réalisation reste à la charge de la patiente.
La réalisation de ce test, quel que soit son résultat, ne remplace en aucun cas la surveillance échographique habituelle de la grossesse.

Auteur : Dr Camille MACHON (biologiste médicale)

Sources :
Centre de diagnostic prénatal et de médecine fœtale www.diagnostic-prenatal.fr/depistage-ni-info.htm
www.trisomie21-foetale.com (site internet développé par le laboratoire français Cerba pour informer au mieux les professionnels de santé et les patientes sur les modalités de prescription et les limites de ce test)